２周目なのですが、ここの攻略がやっぱり難しいと思います。
１周目、挫けそうになるぐらい何度もシンクロ解除になりました…；
ちょっと期間が空いたので忘れていたのもあって、２周目なのに解除５回（難しい）

自分なりのルートをちょっとご紹介。

港湾閉鎖＜見つからずに船に乗り込み商人を倒す。＞

つまり「▼居たぞ！アサシンだ！」と言われたら（完全に見つかったら）即解除。
兵がどんな動きをするのか観察しながら行動しないとアウトです。
いつものごり押しが効かない（笑）


サヴォナローラの狂信者９人のうちの１人です。
発生場所はココ。


１船が見える屋根の上からスタート

２屋根から直接海に飛び込んでしまいましょう。
（１周目下の道に降りるルートでやりましたが階段に移動兵がいるので船に近づくのが難しいです）

船の周りは最高警戒地域です。泳いで船の裏手に大きく回ればＯＫ。

３船の側面の柵が無い×の部分から移動兵を海に落とす。（タイミングに注意）
メモ（★ターゲットの前を警備する●動かない重曹兵は、船裏手からだと仲間が落とされたことに気付きません。
画面手前の側面から同じことをやるとなぜか見つかってシンクロ解除です。裏から行くこと。）

４桟橋を巡回する兵を桟橋ヘリに掴まって海に落とす。
これをしておかないと船尾に掴まっている姿を見つけられてしまいます。
巡回兵が向こうに行っている間に桟橋のヘリにつかまり準備→近づいたら落とす。

５船尾のヘリに掴まって船上巡回兵を落とす
桟橋と船の間にポールが立っているので、そこから船のお尻に登り
左右の巡回兵のタイミングに気をつけながら落とす。

６操舵輪の前に居る二人をステルスでダブルアサシン
船に乗り込んで、静かに歩いていけばＯＫ。

７ターゲットへエアアサシン
↑の二人が居た目の前のヘリに乗り、即□ボタン。
ヘリに乗ったまま、ターゲットを確認している暇はありません。ここはもたもたしてると見つかって解除になります。
姿が見えなくとも、下に居るターゲットに自動でエアアサシンしてくれるので、
ヘリに乗る→□を素早く。

５０回以上かな？ぐらいリプレイして（笑）これが安定なんではないかと。
参考になればｖ